中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态

中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所系由原中科院上海植物生理研究所与原中科院上海昆虫研究所于1999整合而成。研究所...

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“通过构建“大小染色体”高效敲除大肠杆菌基因组的方法”专利技术

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编号:ZJIPX20170706

所属:中国科学院上海植物生理生态研究所

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项目介绍:

一、项目简介

本技术属于微生物发酵(研究工具)领域。本发明涉及微生物基因组工程和分子生物学领域,提供了一种快速和高效地删减大肠杆菌基因组的基因敲除方法,具体涉及大肠杆菌生存必需基因在酵母中的拼接克隆和验证,并将正确拼接的质粒转入大肠杆菌。本发明高效敲除大肠杆菌基因组的方法具有下列特征: 1)在大肠杆菌生存必需基因的选择上,不仅收集了单基因敲除和基因回补等实验数据,还包含了在生化和代谢途径等生物信息学预测中认为组成一个完整生命体的最小基因集合,因此为目前已知的较为完整的大肠杆菌生存必需基因集合; 2)构建的酵母-大肠杆菌穿梭载体 pXX11,在酵母和大肠杆菌都能稳定存在,且均为单拷贝。利用该载体可在酵母体内高效拼接和克隆多个 DNA 片段;3)回补了大肠杆菌生存必需基因后,将染色体上对应的大片段区域分成较小区域进行平行敲除,迅速对染色体上可敲除区域进行初步筛查。对于连续的可敲除的较小区域可并在一起进行大片段的一次敲除,提高了敲除速度; 4)对于已回补了生存必需基因,但对应的染色体区域仍不能敲除的,可进一步分小段敲除并定位可能存在的新的生存必需基因或调控元件。本发明选择已经商业化的菌株 MDS42为出发菌株,该菌株敲除了前噬菌体、转座子、插入系列等 DNA 片段,基因组更稳定并减小了 14%。


 二、专利摘要

 本发明公开了一种通过构建“大小染色体”高效敲除大肠杆菌基因组的方法。此外,利用本发明,在回补了已知生存必需基因而不能敲除基因组中对应的区域时,通过进一步的将该区域细分,可以定位出可能存在的新的生存必需基因或调控元件。


 三、专利状态 

本技术已递交中国专利申请,申请号:201310127727.1;目前已获授权。(持有单位项目编号:SIBS12-109) 


四、持有单位 

中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所。 


五、合作方式 

转让、许可或合作研发。


 六、拟合作企业类型

 微生物发酵、医药、食品、保健品、工业酶、化工领域的企业。


七、联系方式 

任燕,renyan@sibs.ac.cn,021-54924289。

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